Autorami projektu jest RAr-2 Laboratorium Architektury Gilner + Kubec z Rudy Śląskiej. Pracownia architektoniczna została wyłoniona w konkursie rozstrzygniętym w grudniu 2005 roku.

Architekci zaprojektowali budynek w kształt litery L i będzie się składal z dwóch kondygnacji naziemnych o łącznej powierzchni 15 tys. m2. Centrum pomieści nie tylko wystawy stałe i czasowe, ale też laboratoria i pracownie, centrum konferencyjne oraz kawiarnie i restauracje, a także część biurową. W budynku będzie także planetarium z kopułą o średnicy 16 metrów. Planetarium usytuowane będzie w bryle przypominającej  wyglądem głaz narzutowy. W kondygnacji podziemnej będzie parking oraz warsztat.

Inwestycja będzie jedną z większych w Europie Środkowo-Wschodniej.  W październiku 2007 r. Stołeczny Zarząd Rozbudowy Miasta - inwestor zastępczy, ogłosił przetarg na budowę budynku Centrum Nauki Kopernik. W przetargu wygrała firma Warbud S.A.